胶州慈云寺旧址坐落于胶州市少海南湖一带，始建于唐末天顺元年（公元890年），规模宏大，是当时佛寺中最雄伟庄严的庙宇之一。高丽王子义天于宋神宗元丰八年（公元1085年），与弟子共乘商船渡海来宋求佛法，在密州板桥镇登陆（密州板桥镇即现在的胶州）。据史学家考证，义天大师在密州逗留约20天，其中绝大部分时间居住在慈云寺。元、明、清时期，香火一直旺盛，历经千年的发展，不但孕育了明代胶州八景之一的“慈云晓钟”，慈云寺的建筑规模也日益宏大，到清代晚期，慈云寺基本发展为一个建筑群，有六七座建筑之多。周边店铺林立、商贾云集，一片繁华景象。

    民国时期由于战乱寺院规模减小，而且庙宇殿堂开始荒弃，但在周围信众中仍具有较大的影响力。1949年建国后寺院得到恢复开放，由于特殊时期的原因寺院建筑被拆除。

    改革开放后，胶州市在慈云寺旧址一带规划建设了少海新城，2009年3月在慈云寺旧址开始了恢复重建工作；2010年12月移交青岛市佛教协会管理；2011年11月，山东省宗教事务局批复同意开放胶州慈云寺；2012年5月慈云寺完成重建，寺院占地面积约27.4亩，建筑面积6177.9平方米。寺院为三进两厢，中轴有牌坊、山门、天王殿、大雄宝殿、藏经楼，东厢有文殊殿、观音殿，西厢有地藏殿、普贤殿，以及方丈院、寮房、斋堂、居士楼等配套建筑。

2013年8月，了善法师带领僧团入住慈云寺；

2014年11月29日（农历十月初八），胶州慈云寺举行了盛大开光仪式，邀请中国佛教协会副会长、普陀山普济寺方丈道慈大和尚前来主持开光，场面甚是壮观；

2015年10月19日，了善法师被礼请为胶州慈云寺首任主持；

2016年9月，成立胶州慈云寺民主管理委员会；

2016年12月，荣获“第三届全国创建和谐寺观教堂先进集体”荣誉称号。

2018年10月17日，农历九月初九，胶州慈云寺隆重举行“了善法师荣膺胶州慈云寺方丈陞座庆典”法会。

    在了善法师的带领下，胶州慈云寺发展尽快步入正规，香火日益鼎盛，逐步成为地方一大文化高地，以及旅游的理想场所。目前寺院常住僧人16单，常住居士30余人，共同实行对寺院的民主管理。

    近年来，周边佛教信众3000余人，每逢重大佛教节日，都前往胶州慈云寺礼佛、朝拜。每月初一、十五大约有400人左右前来参加佛教活动；每逢节假日，游客、信众达万人之多；目前，胶州慈云寺逐步突出修行、休闲、慈善、文化的发展方向，日益成为这一区域的重要佛教活动场所。